Celem stworzenia sieci NATURA 2000 jest zachowanie naturalnych i zagrożonych wyginięciem siedlisk przyrodniczych, a także gatunków roślin i zwierząt.

Sieć NATURA 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) 
• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO)

W zasięgu terytorialnym  Nadleśnictwa Trzciel znajdują się cztery obszary Natura 2000:
Specjalne Obszary Ochrony siedlisk (SOO)
- „Dolina Leniwej Obry" (PLH080001)
- „Nietoperek" (PLH080003)
- „Rynna Jezior Obrzańskich" (PLH080002)
Obszar Specjalnej Ochrony (OSO)
- „Jeziora Pszczewskie i Dolina Obry" (PLB080005)

PLH 080001 „Dolina Leniwej Obry" – obszar obejmuje rozległe obniżenie doliny Leniwej Obry między miejscowościami Babimost i Międzyrzecz, w północnej części przechodzące w dolinę Paklicy. Są to rozległe obszary szybko renaturyzujących się terenów podmokłych i lasów, z najcenniejszymi tutaj starodrzewiami liściastymi, z kilkuset drzewami o wymiarach pomnikowych. Występuje tu też ponad 20 gatunków roślin zagrożonych i chronionych w Polsce.

PLH 080003 „Nietoperek" - opis obszaru - Ostoja składa się z rozległej sieci starych fortyfikacji podziemnych tj. 30 km żelbetonowych podziemi, biegnących 30-50 m pod powierzchnią ziemi, oraz odpowiadającego ich zasięgowi obszaru na powierzchni. Tworzą one część tzw. Międzyrzeckiego Rejonu Umocnionego zbudowanego przez hitlerowców w latach 1933 - 1945. Najważniejsze zimowisko nietoperzy w środkowej Europie, w którym zimuje nawet ok.30.000  należących do co najmniej 12 gatunków.

PLH 080002 „Rynna Jezior Obrzańskich" - występują tu dobrze zachowane typy siedlisk, szczególnie ważne są priorytetowe zbiorowiska łęgów oraz jeziora eutroficzne. Obszar ważny dla fauny związanej z siedliskami wodno – błotnymi. Lesistość obszaru jest duża, wynosi ok. 45%, przeważają bory sosnowe.

PLB 080005 „Jeziora Pszczewskie i Dolina Obry" - występuje tu co najmniej 15 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 3 gatunki z Polskiej Czerwonej Księgi.  W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: bąk, jarzębatka i kania czarna; w stosunkowo wysokim zagęszczeniu występuje błotniak stawowy, kania ruda i lerka. W okresie wędrówek występuje co najmniej 1% populacji szlaku wędrówkowego  łyski; stosunkowo duże koncentracje wędrówkowe osiąga: czernica, gągoł, głowienka, krzyżówka i perkoz dwuczuby; ptaki wodno - błotne występują w koncentracjach powyżej 20000 osobników. Obszar ważny dla fauny związanej z siedliskami wodno - błotnymi.